episodio dal 48 al 58:

Fortunatamente per Conan, per arrivare al boss non è obbligato conoscerne il numero, ma può servire anche un po' di fortuna: è quello che capita tra il volume 48 e il volume 49, con il secondo grande caso riguardante l'Organizzazione.
Attraverso Yoko Okino, Conan e Kogoro vengono in contatto con Mizunashi Rena, una annunciatrice televisiva che si scopre essere un membro dell'Organizzazione, nel quale è nota come Kir. Con l'aiuto di Conan, ed anche dell'FBI, si riesce ad evitare l'omicidio di un politico, per mano di Kir: oltre a lei però, diventano noti altri due membri cecchini dell'Organizzazione, Chianti e Korn.
Riuniti insieme, i membri dell'Organizzazione, decidono ugualmente di ideare un piano per uccidere il politico: tuttavia però, durante un inseguimento con l'FBI, Kir ha un incidente e ne rimane gravemente ferita, tanto da entrare in coma. Il resto dei membri comunque, riesce a fuggire, attendendo un'occasione propizia per riuscire a recuperare la loro collega, ormai in mano dell'FBI.
Veniamo subito a conoscenza con un nuovo personaggio, un po' goffo nei movimenti, ma che sarà fondamentale per la trama attuale: Eisuke Hondou. Egli è un nuovo compagno di classe di Ran, e si presenta a Conan in un modo molto simile a quello di Mizunashi Rena; anche il suo modo di fare e parlare la ricorda molto. Il problema però è che Rena non ha fratelli o sorelle, ed inoltre, è tutt'ora in coma, quindi Conan non si spiega questo modo di fare così simile.
Si viene a sapere in seguito che questo personaggio è stato affetto da leucemia, e che a causa di questo ha dovuto modificare il proprio gruppo sanguigno con quello del donatore, sua sorella Hidemi.
È proprio questa la causa che spinge Eisuke a cercare sua sorella, che lui riconosce in Mizunashi Rena. La sua ricerca lo porta fino all'ospedale dove lei è tenuta nascosta, anche se qui viene in contatto con un membro dell'Organizzazione, anch'egli in cerca di Kir. Conan e l'FBI vengono a sapere di questo, e si mettono alla ricerca del membro in incognito nell'Ospedale, anche con l'aiuto di Akai, mentre nello stesso momento Eisuke riesce a trovare la stanza di Rena.
La giovane annunciatrice riesce a svegliarsi dal coma, proprio nel momento in cui l'FBI attua un modo per scoprire l'altro membro dell'Organizzazione, con ovviamente l'aiuto di Conan. È proprio grazie a lui che il personaggio viene scoperto, e costretto ad una fuga che lo porterà a schiantarsi trovando la morte.
Nello stesso momento Eisuke, il quale stava agendo proprio come Conan ed Akai avevano programmato, entra nella stanza di Rena, e la costringe a muoversi, dichiarando di conoscere il giovane Eisuke. Successivamente, grazie all'intervento di Conan, si chiariscono tutti i dubbi tra Eisuke e Rena: la ragazza è in realtà sua sorella, col nome di Hidemi Hondou, e davvero ha dato parte del suo midollo per salvare il fratellino dalla leucemia; oltre a questo, si scopre molto altri del loro passato.
Loro padre, Ethan Hondou, era un membro della CIA, così come sua figlia Hidemi, il quale si è sacrificato per fare in modo che Hidemi entrasse nell'Organizzazione come spia della loro Company. Ora però era tornato il momento per Rena di ripetere questo copione, diventando di nuovo Kir, questa volta come spia anche dell'FBI.
Per fare questo, l'FBI chiese un aiuto ad un loro altro membro, Andre Camel che, con l'aiuto di Conan ed Akai, riuscì a far tornare Kir nell'organizzazione senza destare alcun dubbio.
Una volta tornata però, Gin e il loro capo per far si che la ragazzi gli giurasse di nuovo fedeltà, le ordinano di uccidere un agente FBI: Shuichi Akai. Nonostante Rena fosse contraria, aveva l'obbligo di obbedire, così da entrare di nuovo fedelmente nell'Organizzazione: perciò in un passo del Raiha, accadde l'esecuzione, che almeno teoricamente, donò a Gin ed agli altri membri un grande vantaggio nei confronti dell'FBI.