episodio dal 43 al 47:

Passato il pericolo, si riprende la vita di tutti i giorni, alla ricerca di nuove prove per arrivare di nuovo all'Organizzazione. La professoressa Jodie, ricoverata in ospedale, offre però ad Ai la possibilità di crearsi una nuova vita, attraverso il programma di protezione testimoni; la giovane decide tuttavia di rifiutare l'offerta, in quanto ha ora un motivo per non scappare più: il rapporto creatosi con Ayumi.
Per nuovi svolgimenti della trama invece, dovremo aspettare la fine del volume 45, che vedrà un caso ambientato nella prefettura di Tottori, e perciò, con l'investigatore Yamamura. A fine caso, una volta risolto, l'investigare procede per chiamare la centrale, quando nelle orecchie di Conan riecheggia un suono che aveva sentito precedentemente, ovvero quando Vermouth stava chiamando il boss: il prefisso composto da Yamamura è infatti lo stesso composto dal membro dell'Organizzazione, cosa che darà a Conan la possibilità di scoprirne la prefettura nella quale si trova, appunto Tottori.
Ma la suoneria è rintracciabile interamente in qualche modo? Partendo dal prefisso noto a Conan, 0858 sulla tastiera, il giovane prova in tutti i modi a creare una possibile suoneria fattibile, anche con l'aiuto di Ran e Kogoro, anche se alla fine l'aiuto per scoprirlo, gli arriva inaspettatamente. Alla fine di un caso musicale, l'assassino fischietta un motivetto dopo una domanda di Conan, riconosciuto da Ran come "Nanatsu no Ko", i "Sette Bambini", una filastrocca ben nota in Giappone. Al sentire di questa melodia Conan rimane sotto shock, in quanto è finalmente riuscito a conoscere un modo diretto per contattare il boss dell'Organizzazione.
Il giovane detective ne parla quindi con Agasa, avendo la conferma del titolo del motivo, e decidendo come agire: prima di tutto, si ricava il numero dalle note della filastrocca, #969#6261. Successivamente però, con l'arrivo di Haibara, Conan è obbligato a lasciar perdere l'idea di contattare il boss, in quanto se lo facesse, sarebbe come se si aprisse un vaso di Pandora