episodio dal 27 al 42:

Con il volume 27 inizia una nuova saga di Detective Conan, con la quale veniamo a conoscenza di nuovi personaggi e di nuovi tasselli importanti per la trama.
Tutto inizia con un semplice caso che si svolge in una sala giochi: qui conosciamo una giovane professoressa, la quale si presenta come Jodie Saintemillion, la nuova insegnante d'inglese di Ran Mouri e Sonoko Suzuki. Durante tutto il file questa professoressa lancia delle strane occhiate verso Conan, nonostante passi per una grande fan di videogiochi giapponesi. Concluso il file poi, la vediamo molto interessata al giovane, tanto che alla fine lo definisce "Cool Kid", ovvero "Giovane Sveglio"; inoltre poche pagine dopo la vediamo al telefono con uno sconosciuto mentre parla di aver raggiunto una persona, e di aver deciso di soprannominarla "Rotten Apple", "Mela Marcia". Non veniamo però a conoscenza di chi sia la persona alla quale si riferisce la professoressa.
Incontriamo però nuovamente i membri dell'Organizzazione, ed incontriamo ufficialmente per la prima volta Vermouth, che parla assieme a Gin e Vodka all'interno di un locale; lo stesso Gin che grazie ad Ai e Genta si scopre essere mancino. Inizia poi un nuovo caso, questa volta ambientato su un autobus, insieme a Conan, Ai e i Giovani Detective. All'improvviso però Ai nota la presenza di uno dell'Organizzazione a bordo, proprio mentre salgono Araide Tomoaki e Jodie Saintemillion: successivamente Ai capisce che il membro dell'Organizzazione non è altro che Vermouth, che sfrutta il caso di rapimento avvenuto in autobus per spiare e controllare i movimenti di Conan, che anche lei soprannomina "Cool Guy". Non accade però solo questo; a fine caso vediamo che uno dei presenti sull'autobus contatta via radio altre persone misteriose, allo stesso modo di Jodie pochi casi prima: il suo nome è Shuichi Akai e non si hanno al momento altre informazioni su di lui, eccetto per il fatto che lo ritroveremo pochi file dopo, nella casa di Miwako Sato. Qui infatti si è svolta un sfida tra gli agenti Takagi e Shiratori, e ciò ha portato Ran e Conan a casa dell'agente Sato, in compagnia però del dottor Araide. Non sappiamo però perché Akai sia venuto da Sato. Sappiamo però che lo ritroviamo nel volume 32 in compagnia di James Black, una persona anziana che fa la sua introduzione nel manga come l"Uomo di Chicago". Oltre al caso che circonda la sua introduzione, è importantissimo il dialogo finale tra Akai e lui: veniamo a conoscenza infatti che il misterioso ragazzo è alla ricerca di una persona,e che durante questa ricerca ha deciso di tagliarsi i capelli... probabilmente per non farsi riconoscere da chi non deve farlo.
Però questo misterioso Akai chi è? È mai stato visto da qualche personaggio precedentemente? Queste domande perseguiteranno Ran per parecchi casi, ed aiuteranno a rendere anche interessanti alcuni di loro, come per esempio il caso di San Valentino: questo caso infatti si svolgerà in montagna, e si cercherà una persona misteriosa con cappello di lana, giacca ed aria pericolosa, proprio il ritratto del misterioso Akai comparso davanti gli occhi di Ran a casa di Sato. Ma non veniamo a sapere anche questo; il detective Takagi informa Conan che tutti i fascicoli riguardanti i casi di Kogoro sono stati prima rubati, e poi riconsegnati misteriosamente. Il giorno del furto coincide con quello dell'autobus dirottato. Conan pensa immediatamente ad Akai e l'Organizzazione, e temendo per Kogoro e Ran, si precipita in casa: qui fortunatamente viene a sapere che sono entrambi al sicuro, e che non è successo nulla di preoccupante... anche se, a spiare da fuori la casa, Gosho ci mostra Akai intento a controllare i movimenti di loro 3.
Col caso successivo però torniamo agli altri personaggi: ritorniamo al trio Ran-Sonoko-Jodie, coinvolte di nuovo in un caso, che verrà risolto normalmente grazie a Conan. Particolarità del caso è invece la presenza, come ad ogni apparizione di Jodie, di Vermouth nel finale: durante un suo dialogo completamente in inglese, notiamo come stia tenendo d'occhio tre personaggi chiave della storia ovvero Ran Mori, Conan Edogawa alias Shinichi Kudo ed Ai Haibara alias Shiho Miyano alias Sherry.
Chi si nasconde sotto l'identità segreta di Vermouth? È davvero l'attrice americana Chris Vineyard, che da poco è misteriosamente scomparsa dalle scene? L'unico modo per scoprirlo ed indagare i possibili sospetti: con questa motivazione Conan ed Heiji vanno dalla professoressa Jodie, per dissipare ogni loro dubbio. Attraverso l'omicidio solito dei file, riescono solamente a capire che Jodie non è in realtà Vermouth, ma che comunque è una persona molto attenta e sveglia; dall'altra parte a Jodie è andata molto meglio, in quanto ha studiato molto da vicino sia Conan che Heiji, ed è riuscita a nasconder loro il suo segreto: in bagno tiene infatti delle foto della recita scolastica del liceo Teitan, e tra queste una raffigura Shinichi con sotto la scritta "Private Eye", "Detective".
Si ha più fortuna quindi con le ricerche del dottor Agasa, che ha trovato online delle informazioni riguardanti la famiglia Vineyard: Sharon, la madre di Chris, era anch'ella una famosa attrice, deceduta pochi mesi prima, ed al cui funerale ha partecipato anche la madre di Shinichi, Yukiko Kudo. Cosa più insolita è la frase che Chris ha poi rivolto ai giornalisti li presenti: "A secret makes a woman woman", ovvero "Un segreto fa di una donna una donna", la stessa frase esatta che anche Jodie è solita usare.
Per scoprire il motivo per cui anche Yukiko era presente a quel funerale, abbiamo bisogno di un flashback, come quello avuto da Ran nel volume 34 e 35. Qui veniamo a conoscenza di Sharon Vineyard, in compagnia di Yukiko, che incontra per la prima volta Shinichi e Ran nella città di New York; ciò che accade durante il loro soggiorno nella città, fa in modo che Sharon dia alla giovane Ran il soprannome di "Angel", Angelo, in quanto a differenza di Sharon, lei può ancora credere nella presenza di un Dio. Oltre a ciò, Ran sogna anche il suo primo incontro con Shuuichi Akai, sempre nella città di New York, scoprendo che l'uomo è un membro dell'FBI.
Ritornando al periodo attuale della storia, durante un caso con i Giovani Detective, Ai comprende di aver perso il suo fiuto per i membri dell'Organizzazione, in occasione del suo incontro casuale con Numabuchi, da poco arrestato dalla polizia locale; è questo inoltre il suo primo incontro con l'ispettore Yamamura.
Il volume 37 invece ci farà tornare dall'Organizzazione, grazie a dei floppy disk riguardanti un conoscente del defunto Tequila, l'ingegnere Itakura, che era stato ingaggiato dall' Organizzazione per la programmazione di un misterioso software. Riluttante fin dall' inizio nei confronti degli Uomini in Nero e travolto dai sensi di colpa, Itakura, lascia il software incompleto per poi fuggire all' estero. Ma prima di riuscire a scappare viene ucciso da dei colleghi di lavoro per futili motivi. Tutto inizia con il caso della morte dell' ingegner Itakura, durante il quale Conan riesce a recuperare un floppy riguardante probabilmente l'Organizzazione; a fine caso però, Conan insieme a Ran incontrano casualmente Shuichi, ed è qui, grazie all'aiuto della ragazza, che il giovane detective riesce a capire che l'uomo è un membro dell'FBI. Tornato a casa, Conan corre subito dal dottor Agasa, grazie al quale riesce a scoprire che Itakura teneva su quel floppy una specie di diario segreto contenente dei messaggi nascosti, tra cui:
« We can be both God and the Devil, since we're trying to raise the dead against the stream of time » ovvero, "Possiamo essere sia Dio che Satana, in quanto cerchiamo di resuscitare i morti contro lo scorrere della vita". In seguito a questa frase, Conan decide di andare con il dottor Agasa nella casa di montagna dell' ingegner Itakura, dove teneva nascosto il software ancora incompleto, ed una volta li, ricevono una inaspettata chiamata di Vodka, con il quale Conan, usando la voce di Itakura, si metterà d'accordo per uno scambio. Durante lo scambio, nel quale Conan riesce a non farsi vedere dal membro dell'Organizzazione, appare Gin, che intuisce il trucco che il giovane detective stava usando, mettendolo in una situazione rischiosa: fortunatamente però, sia l'arrivo del mattino, sia l'arrivo della polizia, fanno si che i due dell'Organizzazione non riescono a trovare Conan, il quale riesce a rimanere in vita. Stranamente però si intravede anche la presenza di Shuichi, una volta che Conan è stato tratto in salvo da Ai, la quale, molto stupita dalla sua presenza, sembra conoscere Akai.
Il caso successivo vedrà il ritorno dei ragazzi, ed anche una misteriosa affermazione di Ai a Conan: secondo quanto dice lei infatti, lo scopo primario dell'APTX4869, che era in creazione grazie ai suoi genitori, era quello di sfuggire alla morte. Non si sa se ciò che ha detto la ragazza sia davvero la verità, ma gli avvenimenti successivi e le ricerce su determinati personaggi sembrano almeno parzialmente confermarlo.
L'argomento verrà poi ripreso nel volume 39, ma si tratterà solo di una piccola conversazione tra Agasa e Conan: il dottore riferisce di aver conosciuto i genitori di Ai, Elena Miyano e Atsushi Miyano, riconosciuti nella comunità scientifica come "Mad Scientist", "Scienziati Pazzi", mentre la madre all'interno dell'Organizzazione era chiamata "Hell Angel", "Angelo Infernale".
Passando al volume 41, arriviamo al primo ed unico caso che vede presenti Yukiko assieme ai Giovani Detective. Ciò che rende particolare il caso è il fatto che per tutta la sua durata Ai, osservando fuori dalla casa in cui si trovano, vede che una strana macchina è parcheggiata misteriosamente lì, ed osserva verso la loro casa. Dopo diverse inquadrature notiamo che all'interno del veicolo ci sono 2 persone, riconoscibili solo a fine caso, quando Conan ed Ai saranno nella macchina di Yukiko, e l'auto misteriosa gli passerà vicino: al suo interno possiamo riconoscere un personaggio con cappello e capelli lunghi, identificabile con Gin, ed un uomo con i capelli corti e gli occhiali, identificabile stranamente con il dottor Araide.
Da qui in poi la storia prenderà una piega molto veloce: nel caso immediatamente successivo Ai si ammala, e a causa di ciò viene ricoverata nella casa di Agasa dal dottor Araide: la professoressa Jodie invece, incontrando per caso la bambina durante un'uscita con Ran e Sonoko, la riconosce come quella ragazza tra le foto in possesso di Vermouth. Inoltre la stessa Vermouth, grazie alla visita in casa di Agasa, è riuscita ad installare delle microspie, per ascoltare i dialoghi tra Ai e Conan; il membro dell'Organizzazione però non è a conoscenza che Shuichi Akai, il membro dell'FBI, ha a sua volta captato le onde radio delle microspie, ascoltando a sua volta quei dialoghi.
E la professoressa Jodie? Il volume 42 si apre praticamente con l'annuncio del suo passato, e del suo incontro infantile con Vermouth. Questo flashback la colpirà varie volte durante il caso attuale, risolto da Ran con l'aiuto di Shinichi, la quale andrà insieme a Sonoko nella casa della professoressa: qui, approfittando di un momento di solitude, Ran scopre le immagini tenute nascoste dalla sua professoressa.
È così che si apre il caso forse più famoso di Detective Conan, quello relativo all'Halloween Party. In questo caso verranno alla luce molti dei misteri riguardanti la professoressa Jodie ed il dottor Araide; tutto inizia con l'invito da parte di Vermouth ad una festa di Halloween sia al detective Mori, sia al detective Kudo (nonostante la lettera sia indirizzata a Conan). Entrambi decidono di partecipare, anche se al posto di Conan si presenta mascherato proprio Shinichi Kudo; ed Ai? Inizialmente la giovane ha cercato di dissuadere Conan dal partecipare a questa occasione di contatto con l'Organizzazione, ma il giovane detective decide di non darle ascolto e la addormenta con uno dei suoi aghi e la lascia in casa del dottor Agasa, sicuro che così sia in sicuro.
Al contrario però le si presenta davanti la professoressa Jodie, che le offre un passaggio a cui lei non può rifiutare, riuscendo in questo modo a prendere la giovane Ai Haibara prima del dottor Araide. Quest'ultimo decide di seguire le due sino ad uno spiazzale nel molo della città, dove sarà obbligato dalla professoressa a smascherare la sua vera identità: dalla maschera di Araide emerge Vermouth, uno dei membri più importanti dell'Organizzazione.
Da lei e dai discorsi con Jodie veniamo a scoprire che 20 anni prima è stata lei stessa la causa della morte dei signori Starling, ed è anche la causa per cui Jodie è entrata a far parte dell'FBI: per vendicare suo padre defunto. Si viene inoltre a conoscenza del fatto che Chris e Sharon Vineyard sono la stessa persona sotto l'identità di Vermouth, e che lei stessa non invecchia mai. Ora l'obbiettivo è catturarla, motivo per cui Ai si mostra alla donna, e svela anche il suo vero aspetto, mostrando in realtà di essere Conan Edogawa, travestitosi da Ai Haibara: ma chi partecipa nel frattempo al party? Anche qui Shinichi Kudo si mostra in realtà come Heiji Hattori, il quale in poco tempo risolve il caso di omicidio da poco commesso.
Da Conan invece, la situazione è molto peggiore: appare infatti la vera Ai, che ha seguito gli altri grazie agli occhiali del piccolo detective. Vermouth, approfittando dell'occasione, riesce ad addormentare Conan, anche se non riesce a sparare ad Ai, nella quale la donna riconosce Sherry, l'ex-membro dell'Organizzazione. Ad aiutare la ragazza entra in scena Ran, nascostasi nell'auto della professoressa, e con la cui azione riesce a risparmiare la vita di Ai. Infatti Vermouth non vuole sparare a Ran, perché le aveva salvato la vita a New York travestita da serial killer. Vermouth cerca di fermare Calvados, il cecchino suo collega appostato dietro ad alcuni container. Jodie rimane ferita.
Infine, vediamo l'entrata in scena di Shuichi Akai, che riesce a salvare la vita alla partner, spezzando le gambe a Calvados. Non riesce però ad evitare la fuga di Vermouth: da qui poi, si viene a sapere che lo stesso Akai cerca di non farsi vedere dalla piccola Ai, e svanisce perciò prima che lei possa riprendere conoscenza. Agli altri restanti, non resta che aspettare la polizia, e tornare nelle loro case, tranne che per Conan: il giovane infatti, dopo essere stato addormentato, è stato messo nella stessa auto con cui Vermouth è fuggita, e perciò è ancora con lei. La donna comunque, una volta fuggita, riesce a far perdere i sensi al giovane, a mettersi in contatto con il boss, ed a fuggire facendo perdere le sue tracce, lasciando Conan alle cure del dottor Agasa, che stava giungendo sul luogo. Infine, Calvados si è suicidato per non essere catturato.